На працягу 26 гадоў свайго існавання музей займаецца даследаваннем Навагрудчыны ў шырокім гістарычным, культурным і рэлігійным кантэксце. Яго ролю як рэгіянальнага даследчага цэнтра цяжка перабольшыць. Дзейнасць музея прыцягвае ўвагу навуковых колаў, вынікам чаго стаў шэраг навуковых канферэнцый і зборнікаў, у якіх сабраны грунтоўныя даследаванні па гісторыі і культуры Навагрудчыны. Канферэнцыі праходзяць з удзелам Інстытута гісторыі НАН Беларусі, вядучых ВНУ і замежных даследчыкаў. Сярод апошніх масштабных канферэнцый — «Навагрудчына ў гістарычна-культурнай спадчыне Еўропы» (2010 г.) і «Людзі і ўлада. Гісторыя ўзаемадзеяння» (2012 г.). Адначасова музей збірае і даследуе вусную гісторыю — сведчанні мясцовых жыхароў — ўдзельнікаў і відавочцаў пераломных падзей ХХ ст.
У апошнія гады ажыццяўляюцца шэраг праектаў пры падтрымцы замежных фондаў. Пачынаючы з 2011 г. пры падтрымцы нямецкага фонда EVZ («Памяць. Адказнасць. Будучыня») праз МГА «Узаемаразуменне» рэалізуецца праект «Раскажы мне сваё жвццё. Крытычны разгляд гісторыі праз дыялог пакаленняў». Мэтавай групай праекта з’яўляюцца былыя остарбайтэры і пажылыя людзі — удзельнікі і сведкі падзей ІІ сусветнай вайны.
Вядома, што памяць і час знаходзяцца ў адваротна-прапарцыянальнай залежнасці. Праз 70 гадоў пасля заканчэння вайны можна чакаць, што для трэцяга пакалення — унукаў тых, хто перажыў вайну, яна стане проста яшчэ адной вайной, як і першая сусветная. Таму вельмі важны асабісты вопыт людзей, якія ведаюць, што такое вайна.
Гэты праект з’яўляецца інавацыйным у сэнсе супрацоўніцтва музея з навучальнымі ўстановамі горада і грамадскімі арганізацыямі, а таксама з індывідуальнымі асобамі, у прыватнасці, пенсіянерамі. Кіраўніком праекта з’яўляецца Маляўская А.Г.
Важнае месца ў дзейнасці музея займаюць сувязі з ураджэнцамі Навагрудчыны, якія ў розныя часы і па розных прычынах апынуліся па-за межамі Беларусі. Сярод эмігрантаў з Навагрудчыны можна выдзеліць тры нацыянальныя групы — палякаў, беларусаў і яўрэяў, з якімі музей вядзе пастаянную працу.
Як вынік супрацоўніцтва з польскай дыяспарай у музеі створана экспазіцыя аб дзейнасці навагрудскай акругі АК, выдадзены ўспаміны майстра мастацкай фатаграфіі Яна Булгака «Край дзіцячых гадоў» у перакладзе дырэктара музея Т. Вяршыцкай на беларускую мову, збіраюцца матэрыялы аб шляхецкіх сядзібах і іх уладальніках. У 2014 — 15 гг. музей плануе рэалізаваць шэраг сумесных праектаў да 160-годдзя са дня смерці Адама Міцкевіча.
Найбольш актыўныя кантакты з беларусамі-эмігрантамі пачаліся ў 1990-ыя гады. У музеі захоўваецца персанальны архіў Барыса Кіта — сусветна вядомага вучонага ў галіне астранаўтыкі, вядомага дзеяча на ніве беларускай адукацыі, які з’яўляецца ганаровым грамадзянінам горада Навагрудка. Архіў пачаў фарміравацца ў 1993 г. і зараз налічвае звыш тысячы адзінак захавання. Да 100-годдзя з дня нараджэння Б. Кіта быў выдадзены каталог.
Музей наладзіў сувязі з ураджэнцамі Навагрудчыны, якія жывуць за мяжой. У 1994 г. Тамара Стагановіч, беларуская мастачка ў ЗША, перадала ў дар музею 21 твор — калекцыю афортаў і літаграфій. Аўтабіяграфічныя кнігі Кастуся Мерляка, Барыса Рагулі, Аляксея Анішчыка і іншых эмігрантаў, якія знаходзяцца ў фондах музея, з’яўляюцца важнай крыніцай інфармацыі па гісторыі Навагрудчыны.
Актыўныя сувязі падтрымліваюцца з навагрудскай яўрэйскай дыяспарай, дзякуючы чаму стала магчымым аднаўленне страчанай гісторыі навагрудскай яўрэйскай абшчыны. У 2007 г. на месцы былога гета была створана асобна дзеючая экспазіцыя — «Музей яўрэйскага супраціўлення», якая мае дзве адметныя рысы:
- яна створана на месцы рэальных падзей і ў пэўным сэнсе паклала пачатак стварэнню мемарыяла, прысвечанага самаму паспяховаму пабегу з працоўнага лагера зачыненага тыпу ў акупаванай нацыстамі Еўропе і яўрэйскаму партызанскаму атраду Бельскага;
- экспазіцыя створана на тэррыторыі ўстановы адукацыі «Навагрудскі сельскагаспадарчы ліцэй», што само па сабе стварае падставы для ўзаемадзеяння музея з дадзенай навучальнай установай.
Мемарыялізацыя звычайна звязана з увекавечваннем памяці загінуўшых. У дадзеным выпадку ідэя заключаецца ў тым, каб захаваць памяць аб звычайным гераізме звычайных людзей, акцэнтаваць увагу на персанальных гісторыях, адрэстаўраваных на падставе сведчанняў саміх вязняў — удзельнікаў пабегу і мясцовых жыхароў, аднавіць падзею ва ўсіх дэталях і паказаць узаемадзеянне і адносіны паміж людзьмі ва ўмовах нацысцкай акупацыі. Такі комплексны падыход да тэмы робіць яе актуальнай для ўсіх і ва ўсе часы, незалежна ад нацыянальнасці і веры.
Яшчэ да стварэння экспазіцыі Музея яўрэйскага супраціўлення, пачынаючы з 2003 г., музей праводзіў семінары і канферэнцыі па гісторыі Халакоста і яўрэйскай культуры Беларусі для настаўнікаў сярэдніх школ і музейных работнікаў з розных абласцей Беларусі. Канферэнцыі і семінары ў Навагрудку зрабілі відавочнай важнасць даследавання Халакоста і яўрэйскай культуры ў нашай краіне для ўсіх удзельнікаў. Практычна ўсе выкладчыкі і настаўнікі, якія прайшлі праз гэтыя семінары, зараз праводзяць даследаванні ў сваіх гарадах і вёсках, многія з іх стварылі экспазіцыі ў дзяржаўных і школьных музеях.
Музей арганізаваў і правёў канферэнцыю «Яўрэйская гісторыя і культура — ччастка гісторыі і культуры Беларусі» (2011 г.) Знаёмства з яўрэйскай культурай, якая традыцыйна была неад’емнай часткай культуры Беларусі і аказалася цалкам страчанай у выніку Халакоста, адкрывае новыя магчымасці для асэнсавання нашай уласнай гісторыка-культурнай спадчыны, правядзення навукова-даследчай працы, удзелу ў рэспубліканскіх і міжнародных канферэнцыях, у прыватнасці, у Маскве і на Украіне. Музей супрацоўнічае з Расійскім навукова-асветніцкім цэнтрам «Халакост» і Усеукраінскім цэнтрам вывучэння Халакосту «Ткума» ў правядзенні семінараў па тэмах Халакосту і талерантнасці, а таксама ў навуковых канферэнцыях; з Музеем Катастрофы «Яд Вашэм» (Ізраіль), Флорыдскім музеем Халакоста (ЗША), Музеем гісторыі польскіх яўрэяў (Польшча), арганізуе стажыроўкі супрацоўнікаў музеяў Беларусі і настаўнікаў за мяжой, удзельнічае ў замежных выставах («Мужнасць і спачуванне: завяшчанне братоў Бельскіх» (Флорыда), інтэрнэт праекце «Віртуальны штэтл» (Варшава) і інш. Настаўнікі і вучні прымаюць удзел у міжнародных канферэнцыях для школьнікаў «Урокі Халакоста — шлях да талерантнасці» і конкурсах даследчых работ.
Супрацоўніцтва з іншымі музеямі Беларусі, індывідуальнымі асобамі, грамадскімі арганізацыямі, у тым ліку замежнымі, а таксама з навучальнымі установамі горада і рэспублікі — гэта шматгранны працэс, вынікам якога з’яўляецца пэўная трансфармацыя індывідуальнай і грамадскай свядомасці.
З таго часу, як музей падняў тэму Халакоста, у свядомасці жыхароў г. Навагрудка адбыліся вялікія змены. Першым крокам на гэтым шляху было выданне ў перакладзе на беларускую мову кнігі ўспамінаў двух яўрэяў з Навагрудка, якія перажылі чатыры акцыі масавага знішчэння і ўратаваліся дзякуючы яўрэйскаму партызанскаму атраду Бельскага. Успаміны Джэка Кагана і Дова Коэна выйшлі пад назвай «Як мы перажылі Халакост з яўрэйскім партызанскім атрадам у Беларусі» у перакладзе Т. Вяршыцкай на беларускую мову ў Мінску ў 1999 г., а ў 2011 г. — на рускай мове ў Маскве пад назвай «Холокост и сопротивление на родине Адама Мицкевича».
Устаноўка помнікаў на месцы масавых расстрэлаў, у чым музей прымаў непасрэдны ўдзел, прыезд яўрэяў-эмігрантаў разам з дзецьмі і ўнукамі, сустрэчы з вучнямі ў школах і грамадскасцю, — усё гэта ператварае музей са скарбніцы, дзе захоўваецца памяць, ва ўстанову, якая актыўна садзейнічае выхаванню моладзі. Як вынік у СШ № 7 узнікла экспазіцыя ў школьным музеі, якая расказвае пра Халакост у Навагрудку, а ў гандлёва-эканамічным каледжы з’явілася група валанцёраў, якія пад кіраўніцтвам выкладчыкаў стварылі шэраг праектаў, звязаных з гісторыяй і трагедыяй яўрэйскай абшчыны г. Навагрудка, у тым ліку інтэрнэт-сайт.
На пачатку ініцыятарам і каардынатарам усёй дзейнасці з’яўляўся музей, але ў 2010 г. без удзелу музея моладзевая арганізацыя БРСМ гімназіі №2 вырашыла назваць сваю арганізацыю іменем Тувіі Бельскага, камандзіра яўрэйскага партызанскага атрада, а 6Е клас СШ № 5 узяў сабе імя Джэка Кагана, які ў 14 год страціў усю сям’ю, а вярнуўшыся праз 50 гадоў зрабіў усё, каб захаваць памяць пра гісторыю і трагедыю паловы жыхароў свайго роднага горада. Зараз ён з’яўляецца ганаровым грамадзянінам г. Навагрудка.
Дзейнасць музея спрыяе развіццю кантактаў навагрудскай яўрэйскай дыяспары з радзімай. Для многіх эмігрантаў і іх дзяцей Навагрудак займае важнае месца у іх жыцці. У 2012 г. пры непасрэдным удзеле музея прайшлі здымкі дакументальнага фільма «Пабег!», прысвечанага ўцёкам з гета праз тунэль. У здымках удзельнічалі трое былых уцекачоў і больш за 50 дзяцей і ўнукаў іншых вязняў працоўнага лагера, якіх сёння ўжо няма ў жывых, а таксама моладзь з Навагрудка. Сумесныя пошукі тунэля дазволілі непасрэдна дакрануцца да гісторыі, а сяброўскія сувязі, якія ўзніклі падчас здымкаў фільма, працягваюцца.
Праблема аднаўлення сапраўднай гісторыі і захавання памяці, вывучэння і захавання адметнасці рэгіёна як цэнтра розных культур і рэлігій знаходзіцца ў фокусе дзейнасці музея.
Вынікам папярэдняй дзейнасці стаў удзел музея ў трансганічным праекце «Маршруты па штэтлах. Аб’екты яўрэйскай культурнай спадчыны ў трансгранічным турызме», які пачаў ажыццяўляцца са снежня 2013 г. сумесна з Гродзенскім дзяржаўным універсітэтам імя Я. Купалы, партнёрамі з Польшчы (Цэнтр «Гарадская Брама — Тэатр НН», г. Люблін) і Украіны (Ровенскі Цэнтр маркетынгавых даследаванняў і Цэнтр грамадска-эканамічных ініцыятыў у Ярэмчы), і фінансуецца Еўрапейскім Саюзам у рамках Праграмы «Польшча-Беларусь-Украіна 2007 — 2013». У выніку рэалізацыі праекта будзе створаны новы турыстычны маршрут па трох краінах, які заахвоціць турыстаў прыехаць у Беларусь і будзе прапагандаваць яе гістарычна-культурныя каштоўнасці.
На сучасным этапе музей з’яўляецца пляцоўкай для ажыццяўлення розных праграм і праектаў, якія дазваляюць весці дыялог у грамадстве. Музейныя зборы — гэта не толькі скарбніца каштоўнасцей, якія з’яўляюцца асновай вывучэння гісторыі і культуры рэгіёна, яны служаць падставай для развіцця кантактаў і ўмацавання сувязі паміж пакаленнямі и культурамі.